千来神祠需要传送到鹤观岛的传送锚点，从传送点出发，向南方向滑翔至一个明显的洞窟入口，该入口位于遗迹南侧的角落。进入洞窟后直行即可抵达千来神祠地下区域。若未解锁传送点，可从知比山顶部利用风之翼滑翔至底部，通过电气机关控制的石门通道前往。这条路径较为隐蔽，需注意观察地形特征。
进入千来神祠主体区域后，需完成栖木供奉任务以解除迷雾障碍。在神祠中央触摸栖木会触发三枚羽毛的收集任务。第一枚羽毛位于建筑底层，需注意地面发光提示；第二枚在小坡上会移动，需跟随其轨迹并中途获取雷神瞳；第三枚需解谜建筑底层的机关方可取得。羽毛收集过程中可能遭遇丘丘王等敌人，建议提前配置治疗与输出角色应对战斗。
神祠内部存在多处石板解谜与机关互动。石板获取主要通过完成寻找石碑宝箱奇遇激活机关等系列任务，每完成一项可获得对应石板碎片。六块核心石板需按雷鸟视线顺序点亮石碑，附近墙壁的猫头鹰图案是重要提示线索。继电石解谜需从雕像旁获取继电石后，在指定位置放置并连接电路，成功后可开启隐藏宝箱。
探索过程中需注意地下区域的隐藏通道。通过知比山传送点跳入底部洞穴，沿通道穿越两道电气石门可抵达神祠地下门另一端，操作机关即可开启石门。该区域藏有雷神瞳与特殊宝箱，需使用雷种子穿越结界或完成跑酷挑战获取。部分宝箱需要挖掘触发，如神祠右下角挖掘点会遭遇丘丘王，击败后可得含原石的珍贵宝箱。
