进入灰岩坑后，首先需要从水下入口游进去，上岸后沿着右侧滑索滑到对面，这里可以找到灰岩坑景点大本营。遗迹入口地上放着一封信，查看可获得文物特洛斯·赛拉诺的日志2。继续前进会遇到变异敌人，建议利用场景中的绿色易燃气体，在敌人冲击木栅时射击气体可一次性消灭多个敌人。
穿过集水沟后，需要解决一系列水流机关。第一个关键点在水下转轮处，需潜入水中撬开卡住转轮的木条，上岸后用绳索箭矢连接转轮和岸上转盘，通过旋转将转轮缺口调整至下方，这样就能从水下通过。继续前进会遇到多个龙头机关，需要用绳索箭矢连接转盘与龙头转轴，通过调整龙头方向引导水流。特别注意最大的龙头被木板挡住，需要先爬上高台将木板凿开才能继续操作水流方向。
第一处需要将水引流至水车上启动机关，先用箭连接机关和水龙头下方平台向右转动清除障碍，再连接水龙头使水流到平台上带动水车。第二处需跳入池塘清除障碍物释放引流平台，回到机关处连接平台并向右转动。这两个步骤需要精确操作绳索箭矢的连接顺序和转动方向，任何错误都可能导致水流无法正确引导。
面对成群敌人时，优先利用环境中的爆炸物和绿色气体。在最后的大门处，需要依次操作三个龙头：先旋转最右侧龙头朝右，凿开高台龙头转轴下的木板；返回转盘旋转龙头朝左；调整高台龙头使水流入下方水槽；最后旋转左下角龙头朝左启动水车。完成所有机关后，沿着唯一通道全力奔跑即可逃离灰岩坑。
