碧水源地区的水边宝箱主要分布在河流、瀑布和池塘附近，部分需要解谜或特定角色技能开启。其中较难获取的是被藤蔓缠绕的石制宝箱、水池中的机关宝箱以及隐藏在水下的挖掘宝箱。这些宝箱通常包含角色经验书、武器强化素材等奖励，探索时需注意环境细节和元素互动。
获取水边宝箱的基础方法是观察水面波纹或异常地形。例如石门传送点右侧水域的挖掘宝箱，需从压力板形成的风场飞至高地处；无妄坡下方水域的宝箱则藏在藤蔓覆盖的岩石后方，需用火元素技能清除障碍。部分宝箱被水元素屏障包围，需激活附近的水形柱或使用岩主技能制造平台才能接触。
吴旺坡水池的封印宝箱要求玩家使用岩主技能荒星压在发光圆盘上；轻策庄右侧水域的宝箱则需击碎三个特定石堆触发史莱姆战斗。部分水下宝箱无法被寻宝罗盘侦测，需依靠视觉线索如气泡或异常反光定位。碧水源北侧瀑布后的宝箱需先调整三个水形柱位置：第一个在池塘边直接互动，第二个需用火烧开藤蔓，第三个在宝箱对面。激活全部水形柱后返回池中央即可解锁。另有一种被水墙包围的宝箱，需利用枫丹角色的潜水能力或特定洋流路径进入。
探索建议携带火元素角色处理植物障碍，岩元素角色应对机关解谜，同时配备风系角色便于跨越水域。若收集度卡在98%-99%，建议复查轻策庄河边草堆下的隐藏宝箱，以及石门岔路口压力板触发的普通宝箱。所有水边宝箱位置均可通过游戏内元素视野辅助确认。
