保护区在远古市政神秘主义解锁后就能建造，这是游戏中解锁相当早的区域之一。虽然它占用1个区域位，但并非特色区域，也不提供大伟人点。保护区的作用与地块魅力值高度相关，建造后能给周围地块+1魅力值，同时提供的住房取决于所在单元格的魅力值。需保护区不能建在城市中心的一环范围内，建造后还会对周围地块释放文化炸弹，直接获取无主土地。
保护区的建筑分为两种：古树林和避难所。古树林在远古时代随保护区一起解锁，而避难所要到现代才能建造。古树林的产出与周围地块魅力值挂钩，但前提是这些地块必须未被改良过，海洋地块因无魅力值所以无法享受加成。如果想最大化保护区收益，建议让至少3个相邻地块达到惊艳（+4魅力）级别，否则建造保护区可能得不偿失。魅力值高的地块通常树木较多，这就面临一个选择：砍树换取生产力还是保留树木提升魅力值。
例如印加文明能在山上工作，而山脉自带高魅力值，因此在山旁修建保护区收益显著。毛利文明的树林无需改良就能提供强力加成，保留树林搭配保护区能形成良性循环。巴比伦文明因首个区域免费送建筑的特性，可以快速建造古树林，省去生产力消耗。如果遇到多佛白崖等自然奇观，保护区几乎是唯一能提升周边产出的手段，因为自然奇观地块无法改良且自带恒定高魅力值。
建造保护区时需要权衡区域位占用问题。早期区域位紧张，保护区可能不如学院或商业中心优先级高。后期虽然保护区建筑解锁跨度大，但避难所产出有限，导致整体收益下降。如果单纯为了文化炸弹圈地功能，可以在树多的地方建造保护区后砍伐树木，既获得土地又回收生产力。不过这种玩法会牺牲长期魅力值加成，需根据实际需求灵活选择。
