保卫萝卜2挑战模式的核心玩法在于策略性炮塔选择和动态调整防御布局。该模式下炮塔采用随机刷新机制，玩家需在特定波次从系统提供的三种炮塔中选择一种进行建造，通常在第1、3、5、9、15波出现选择机会。怪物血量显著提升且萝卜生命值不会自动恢复，因此需要优先选择具有范围伤害或控制效果的炮塔，如太阳花、雪花、月亮等。开局阶段应集中火力清理场景道具获取隐藏炮塔和经济资源，同时注意保留金币用于关键波次的炮塔升级。
挑战模式采用独特的存档机制，失败后需从最近的BOSS关卡重新开始。第14关作为首个BOSS关卡是默认存档点，后续每隔若干关卡会交替设置存档点与宝箱奖励关卡。当怪物即将接触萝卜时，可通过暂停并重新开始的操作避免生命值损失。若已损失生命值，可通过前期关卡获取的急救包进行恢复，但满血状态下无法重复使用。经济管理尤为重要，磁铁炮塔能持续获取金币，适合在资源紧缺的关卡优先选择。
推荐以飞机、火箭等高伤炮塔为主力，搭配月亮或雪花进行减速控制。雪花炮塔的定身效果具有战略价值，通过交替放置可实现怪物永冻状态。但需注意冰冻星炮塔存在解除定身的机制冲突，不建议与雪花同时使用。后期关卡需频繁拆除低效炮塔重新布局，特别是在应对飞行怪物群时需增加对空火力。宝箱关卡开启后获得的特殊炮塔往往能改变战局，需根据其特性调整整体防御体系。
