雷种子是解开谜题和穿越屏障的关键道具。进入井底后，玩家需要从特定洞口进入，注意此处有石头封路。在井底某个固定位置可以取得雷种子，该位置通常有明显的雷樱枝条标记。获得雷种子后，需立即利用其通过紫色雷电屏障，这是后续解谜的必要前提条件。
雷种子的主要功能是帮助玩家穿越若雷结界，这种紫色屏障会阻挡玩家进入关键区域。携带雷种子时，玩家可以自由穿过这些结界，但需注意雷种子有持续时间限制。在绀田村井底的特殊结构中，雷种子还能暂时压制若雷石的力量，避免玩家在结界内持续受到伤害。部分区域雷元素浓度过高会造成雷祸效果，携带雷种子可抵消部分损伤。
井底的结社解密环节需要按照特定顺序激活机关。根据现有资料显示，正确顺序为逆时针第二个机关激活一次，对面机关激活两次，逆时针第三个机关激活三次。完成解密后会出现武士魂灵挑战，这是任务的关键战斗节点。某些隐藏区域需要再次使用雷种子进入，这些区域通常包含雷神瞳和任务钥匙等重要物品。
探索过程中建议全程开启元素视野，便于发现容易被忽略的交互物品。在井底通道的特定位置可以找到一本书的残页，这是任务相关的重要收集品。部分隐藏宝箱和雷神瞳的获取需要精确的跳跃操作，建议提前规划移动路线。雷种子等级不足时可能无法穿越某些高阶结界，这种情况下需要先提升神樱眷顾等级。
