佩恩入侵团本是一个需要十名玩家协同作战的高难度副本，理解其核心机制和流程是成功通关的关键。该团本主要分为两个大阶段，整体流程围绕着削弱最终BOSS天道的查克拉并最终将其击败来展开。团队由五支两人小队构成，每支小队的队长可以选择进入不同的子关卡，明确的职责分工是高效推进的前提。对于新解锁团本的玩家而言，从普通难度开始体验是较为合适的选择，其机制相对简单，有助于熟悉团队协作的基本操作。
副本的第一阶段目标是营救村民并击败三名前置首领。开局后，所有队伍应优先进入解救村民的关卡，通过有效率的操作积累救人数量，当解救数量达到要求后，系统会解锁修罗道、畜生道和小南三个首领关卡。这三个首领需要被全部击败，通常建议由战力较高的队伍负责攻略，每击败一次首领，都能削弱最终阶段天道佩恩的某种能力或属性。在此阶段，低战队伍可以专注于持续营救村民，为团队创造更好的输出环境。
进入第二阶段后，核心战斗正式展开。玩家会面对地狱道、饿鬼道和天道三个首领共存的地图。开局时绝对不要直接攻击天道，因为在其查克拉值为100%时，玩家造成的伤害微乎其微。正确的策略是分配队伍持续攻击左右两侧的地狱道和饿鬼道，每一次成功击败这两个小BOSS，都会显著降低天道头顶的查克拉值。查克拉值越低，天道所承受的伤害倍率就越高。地狱道没有特殊机制可以直接攻击，而饿鬼道需要注意当其被蓝色泡泡包裹时会通过受击回血，此时必须停手等待泡泡消失。
当查克拉值被压制到50%以下，尤其是更低时，团队中战力最高的一支或两支队伍可以进入天道关卡发起总攻。在攻击天道前，需要先清理掉场地周围的五根立柱才能对其造成有效伤害。输出时需要注意团队配合，例如避免多名玩家同时在X轴释放高伤害技能，以免触发天道的小神罗天征造成不必要的伤亡。天道在战斗中会周期性地释放全屏技能，玩家需要留意地面提示及时躲避。通常需要进出关卡多次，利用技能冷却重置来完成击杀。合理利用复活机制和团队沟通是最终取胜的保障。
推荐使用技能范围广、输出稳定或带有团队增益效果的忍者。例如具有抓取能力或无敌帧技能的角色能够更好地应对BOSS的霸体状态和技能攻击。携带正确的秘卷，如用于防御或增益的秘卷，也能有效提升团队的生存和输出效率。低战力玩家若想参与高阶挑战，可以在人多的时段尝试匹配，寻求高战玩家的带领，但自身也需了解基本机制，避免干扰团队的正常流程。
成功通关团本后，玩家可以获得包括传说忍具在内的奖励，而通关修罗难度还能获得专属积分。该积分的主要用途是在兑换商店中稳定换取究极忍具无尽痛楚套装，这是提升战力的关键道具。每次通关修罗难度可获得固定积分，累计一定数量后即可直接兑换指定部位的究极忍具，为玩家提供了一条稳定的装备获取途径。
